Lopende vergunningtrajecten of niet onherroepelijke vergunningen zullen aanvullend moeten aantonen dat in de bouwfase de stikstofuitstoot niet tot significante negatieve gevolgen in Natura-2000 gebieden leidt. Dit onderzoek moet zo spoedig mogelijk worden uitgevoerd en ingevoegd in het vergunning- of beroepstraject. Anders kan een vernietiging van de vergunning plaatsvinden. 

Voor het verkrijgen van die natuurvergunning moet uit een passende beoordeling blijken dat de natuurlijke kenmerken van het gebied niet worden aangetast (door het project). Als dat niet kan worden aangetoond kan het project alleen worden vergund indien er geen alternatief is voor het project, het project een dwingende reden van groot openbaar belang dient en compensatie van aangetast natuurgebied plaatsvindt (de ADC-toets). Met name die compensatie is in de praktijk moeilijk of onhaalbaar.